Hijo de artistas, sus comienzos como pintor estuvieron influidos por el neoclasicismo victoriano.

En 1883, tras su matrimonio con Esther Kenworthy, Waterhouse se estableció en Primrose Hill Studios (primero en el número 3 y más tarde en el 6).

También vivieron en Primrose Hill Studios los artistas Arthur Rackham y Patrick Caulfield.

Waterhouse fue patrocinado por Alexander Henderson, financiero, quien desde 1903 hasta su muerte le compró varias de sus pinturas.

El estilo pictórico de Waterhouse se mantuvo prácticamente inalterable en toda su vida, pero en cualquier caso, la temática de sus obras va cambiando según la etapa que atravesaba.