La leyenda cuenta que Daun Penh, una viuda rica, encontró un gran árbol koki en el río.En el año 1437 el Rey Ponhea Yat ordenó a Su Excelencia Decho Srei que elevara la colina aún más alta cuando finalizara la construcción del nuevo Palacio Real en la nueva ciudad que llamó Krong Chaktomok Mongkol o simplemente Nom Pen.Wat Phnom es el centro de la celebración del Año Nuevo Camboyano y Pchum Ben.En la esquina sudoeste del vihear (sala de oración) y la estupa, hay un pequeño templo dedicado a la Señora Penh.Wat Phnom apareció en el documental de Travel Channel 1000 Places to See Before You Die.
