Bauer nació en Königsberg, Prusia Oriental, y creció en Marburg,[1] donde su padre era profesor.Estudió teología en las universidades de Marburg, Estrasburgo, y Berlín.Bauer enseñó en la Universidad de Breslau y en la Universidad de Göttingen, ciudad en la que murió.La obra más famosa e influyente de Bauer es su libro de 1934 Rechtgläubigkeit und Ketzerei im ältesten Christentum (Ortodoxia y herejía en el cristianismo primitivo), traducida a diversos idiomas, pero no al español.[2] En él, Bauer desarrolló su tesis de que en el cristianismo primitivo creencias que siglos después serían consideradas «herejías» fueron la forma original y aceptada del cristianismo.