También fue teniente coronel y Jefe de Seguridad del Cuerpo Drina del Ejército de la República Srpska.
El Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia acusó a Vujadin Popović por genocidio, conspiración para cometer genocidio, exterminio, asesinato, persecuciones, traslado forzoso, y deportación.
Estos delitos presuntamente tuvieron lugar entre julio y noviembre de 1995.
Cuatro días después, apareció en la corte y se declaró "no culpable".
La Corte encontró que Popović era un miembro de la Empresa Criminal Conjunta (JCE) para asesinar a gran parte de la población bosnia-musulmana en Srebrenica, y que participó en la JCE en intentos de persecuciones.