Una investigación posterior determinaría oficialmente que el accidente fue causado por lecturas erróneas de un instrumento defectuoso.

Los pilotos trataron de nivelar el avión como un intento desesperado y heroico para salvar el avión y sus 40 pasajeros, pero se estrelló en una zona selvatica del Tapón del Darién a la velocidad de 400 nudos (740.8 kilómetros por hora) y matando a todos los 47 ocupantes a bordo.

Debido a que el accidente había ocurrido en un área remota y de difícil acceso, el personal de rescate tardó doce horas en llegar al lugar del accidente.

[2]​ Sin embargo, los analistas de la NTSB descubrieron que la cinta estaba rota debido a un error en el mantenimiento al avión.

[2]​ La investigación determinó que la tripulación, al detectar que uno de los giróscopos no funcionaba adecuadamente, accionó el interruptor para desactivarlo y alimentar los instrumentos del comandante y del copiloto por el giróscopo operativo, sin embargo por diferencias de la configuración del simulador y el avión en cuestión, inadvertidamente en vez de alimentar los dos instrumentos en base al giróscopo operativo, los alimentaron en base al giróscopo con problemas, lo que provocó que los instrumentos de comandante y copiloto entregaran información errónea.

Un equipo especial formado por personal de Copa Holdings, Boeing, Pratt & Whitney y la NTSB trabajó junto a las autoridades panameñas en la investigación, que se prolongó durante un año.

Copa también tuvo que reconfigurar las operaciones de su flota mediante una importante revisión.