Sin embargo las operaciones en el aeropuerto no fueron alteradas a pesar del mal tiempo y la lluvia extrema.
En la cabina de mandos se hallaba el capitán Foong Chee Kong, junto al primer oficial Latiff Cyrano y el ingeniero de vuelo Ng Kheng Leng.
A las 23:06 hora local la torre de control autorizó al vuelo 006 abandonar la rampa de abordaje y tomar la 05L, pero debido a la casi nula visibilidad producida por los torrenciales aguaceros asociados al tifón, los pilotos cometieron un error fatal: giraron a la derecha unos 100 metros antes de lo esperado, creyendo que el aeropuerto contaba con un radar de tierra que les advertiría en caso de no estar en la pista correcta.
El aparato llegaba a la posición de salida equivocada y a las 23:16 hora local los pilotos empujaban los aceleradores, el 747 salía hacia adelante entre la tenaz lluvia que les ocultaba lo que hay adelante, los pilotos, concentrados como estaban en la labor de despegue jamás notaron nada hasta que sucedió lo increíble, sintieron que estaban golpeando con algo muy pesado.
El accidente del vuelo 006 aparece en un episodio de la serie canadiense de televisión Mayday: catástrofes aéreas titulado en español «Despegue y tifón en Taiwan».