[2]​ Según investigaciones geológicas, el volcán perdió 1000 m de altitud debido a erupciones volcánicas ocurridas hace 60 000 años.

[3]​ Actualmente la prominencia consiste de dos masas: una llamada el Picacho de 1959.97 m s. n. m., la más elevada; y el cráter principal de 1,5 km de ancho llamado El Boquerón, que tiene una elevación de 1839.39 m s. n. m. Alrededor de estas elevaciones se ubican otros cráteres inactivos: Las especies que protegen son : Aves Mamíferos etc Estructuras volcánicas secundarias del complejo volcánico:[4]​ Las primeras erupciones ocurrieron al final del período terciario y a principios del cuaternario.

[5]​ De acuerdo al historiador Jorge Lardé y Larín, no se conocen referencias de su presencia durante la colonización española por algún cronista, sino hasta 1807 cuando el Intendente Antonio Gutiérrez y Ulloa hizo mención de una «pequeña laguna, árida en sus márgenes y formada de aguas azufrosas».

Por lo tanto, recalca el académico, «siempre ha existido con este nombre (San Salvador)...no existe documento alguno en que se le mencione con otro apelativo».

[8]​ Desde el año 2008 el Gobierno de El Salvador fundó el parque nacional El Boquerón, que incluye senderos alrededor de la cima del cráter.