El volcán Toconce tiene un cráter central y está construido principalmente por flujos de lava andesíticos, que se emplazaron en tres etapas diferentes.

[1]​ La erosión ha excavado una serie de valles glaciares en el volcán,[2]​ y las rocas hidrotermalmente alteradas desde el interior del edificio han sido expuestas.

Estas pertenecen a una secuencia de ignimbrita-dacita-riolita en la que se constituyen muchos volcanes en los Andes Centrales.

Aparte de Toconce, esta cadena incluye San Pedro, San Pablo, Paniri, Cerro del León y Linzor, que cubren una longitud de 65 kilómetros.

La alteración hidrotermal ha dado lugar a arcilla, productos de oxidación y sericita.