Según la hagiografía escrita en el siglo VIII, san Virgilio nació en Gascuña, pero se educó en el monasterio de San Honorato, en una de las dos islas que se hallan a tres kilómetros de Cannes.

Según Gregorio de Tours, Virgilio fue el primer abad del monasterio de San Sinforiano en Autun y contó con el apoyo de Siagrio, obispo de Autun, para suceder a Lizier como obispo de Arlés, que recibió el palio de manos del papa Gregorio I. San Virgilio gobernó su diócesis con gran vigor; su celo lo llevó demasiado lejos en una ocasión, pues san Gregorio le reprendió por haber intentado convertir por la fuerza a los judíos de su archidiócesis y le recomendó que se limitase a orar y predicar.

Por otro lado, Gregorio pidió en diferentes ocasiones al obispo (596, 601) que bendijera la llegada de Agustín de Canterbury y sus monjes, que iban a ser enviados a Inglaterra.

En otra ocasión, pidió la protección del santo a un monasterio del que Lizier había tomado posesión.

En una carta a Virgilio y a Siagrio, el papa acusa a los dos obispos de negligencia por no impedir el matrimonio de la hermana de Siagrio, que había abandonado la vida religiosa para ser obligada a casarse.