Del rápido daño, escribe Giorgio Vasari en el año 1568: «Encontraron las piezas entre el mortero de las ruinas.
La esquina inferior izquierda fue completamente rehecha, así como un rectángulo correspondiente a la pierna de Jesús.Entre el año 2000 y el 2002 se hicieron investigaciones para una nueva restauración, terminada en 2005.
Aunque las posiciones de los tres cuerpos son naturales, juntos forman un triángulo prácticamente regular.
La Virgen sostiene un libro, lo que permite identificarla como Sedes Sapientiae («Asiento de la Sabiduría»).
La influencia leonardesca se evidencia en muchos rasgos de la obra, como la estructura piramidal y el claroscuro.