El asiento original del municipio fue una comunidad de otomíes denominada El Guaje.
Por decreto expedido en 1930, la XXXII Legislatura del Estado crea el municipio de Villagrán.
José Aguilar y Maya ordenó que todos los municipios hicieran un escudo de representación.
En ese entonces fungía como Presidente Municipal el Señor Belén Ramírez Martínez, quien encargó el trabajo de elaboración del escudo, al pintor y muralista celayense, Manuel Lara.
El clima es semiárido subhúmedo, con lluvias en verano, de menor humedad.