Se asentaron finalmente en Argentina, en donde Mortensen vivió hasta los once años en Chaco, Buenos Aires y Córdoba.

Cuando tenía seis o siete años, Viggo comenzó a escribir sus primeros «cuentitos cortos».

Tras el divorcio de sus padres, regresó a Nueva York con su madre y sus dos hermanos.

[cita requerida] Tras dos años en los que vivió en Dinamarca sin haber decidido aún su carrera profesional, regresó a Manhattan para finalmente estudiar interpretación en el Warren Robertson's Theatre Workshop.

Dedicó unos cuantos años al teatro, primero en Nueva York y más tarde en Los Ángeles, donde gracias a su interpretación en la obra Bent recibió el Dramalogue Critics' Award.

[cita requerida] Pero no fue sino hasta 1997 cuando le llegó su gran oportunidad al recibir la oferta del realizador neozelandés Peter Jackson para trabajar en el proyecto que cambiaría el destino de su carrera profesional.

En ella, vuelve a repetir como protagonista, ahora en un papel en castellano, aunque para adaptar su notorio acento argentino[1]​ tuvo que practicar en los pueblos de la montaña leonesa, concretamente en el valle del Curueño, donde estuvo perfeccionando su habla a través del contacto con los lugareños.

Además, volvió al teatro, interpretando en Madrid la obra de Ariel Dorfman Purgatorio.

Sus obras han sido expuestas en varias galerías de arte en todo el mundo.

[10]​ Asimismo, presentó su debut directorial con Falling, un drama sobre un padre que comienza a padecer síntomas de demencia.

En 2023 Escribió, dirigió y protagonizó The Dead Don't Hurt ("Hasta el fin del mundo" en España) con Vicky Krieps como coprotagonista.

En el 2009, los medios difundieron su relación con la actriz española Ariadna Gil, compañera de reparto en Alatriste y en Appaloosa.

Es llamado cariñosamente «Guido» Mortensen por los fanáticos del club, luego de que el ídolo «azulgrana» (apodo con el que se conoce al club argentino), Héctor Bambino Veira, así lo bautizara durante una entrevista televisiva.

[18]​ Habitualmente puede vérselo llevando consigo algún objeto relacionado con el equipo, ya sea una pulsera, un colgante o cualquier otro elemento que combine los colores rojo y azul.

[19]​ En la fiesta posterior a la ceremonia de la 80.ª entrega de los premios Óscar, se pudo fotografiar al actor, junto a Cate Blanchett, con la camiseta del equipo argentino; como así también con David Cronenberg, cuando presentaban Promesas del Este, y en muchas otras variadas ocasiones.