Se saben pocos datos acerca de su vida, únicamente que nace en Urueña, ciudad medieval vallisoletana cercana a Toro (Zamora), en el seno de una familia hidalga castellana.
A la temprana edad de 16 años pierde a su padre y pocos meses después a su madre, fallecidos ambos de una extraña enfermedad contraída en un viaje a Kenia, por ese motivo se traslada a vivir junto a su tío, el marqués de Spinola, a Alcalá de Henares (Madrid) en cuya universidad estudiará Medicina.
Poco tiempo después se casa con María Macarena Basulto Jiménez, con la que no tiene descendencia; fallecida esta, se casa en segundas nupcias con Eugenia de Bascarán y Reyna (1873), hija de José Julián de Bascarán y Federic y de su esposa Enriqueta de Reyna y Visset-Fernández de Córdoba, con la que tiene dos hijas y un hijo, Vicente Fernández Bascarán.
En 1898, tras acabar su carrera de Medicina se ve obligado por las circunstancias a ofrecer sus servicios en la recién empezada Guerra Hispano-Estadounidense, en ella pierde el brazo derecho al ser alcanzado por metralla, miembro que el mismo se extirpa.
Su otra hija María del Carmen Adelaida Fernández Bascarán se casa con Gregorio López Bravo, importante político franquista.