Después del 15 de marzo de 1939, fue arrestado por sus actividades comunistas y luego emigró a Francia, donde colaboró con otros emigrantes, por ejemplo, Vladimír Clementis y Maria Švermová.
Desarrolló sus actividades como miembro de una célula comunista en el ejército checoslovaco.
Después de 8 meses, se reincorporó al ejército checoslovaco y continuó trabajando en una célula comunista.
No volvió a su unidad hasta el final de la guerra.
Hajdů recibió órdenes y honores checoslovacos e internacionales por su trabajo.
Por último, pero no menos importante, fue un reconocido experto en Alemania: participó en conferencias internacionales y publicó trabajos académicos sobre la cuestión alemana, así como trabajos sobre la seguridad europea.
[7] En 2000, Zuzana Justman rodó el documental A Trial in Prague dedicado al juicio.