A lo largo de los siglos, Vaux le Pénil vio instalarse a los celtas, los germánicos (de ello viene el nombre del dominio del Germenoy) y los galos antes que los romanos conquistasen la Galia.
Un templo dedicado a Júpiter Penius fue erigido en las alturas que dominan el Sena, próximo de la actual iglesia.
Vaux le Pénil fue durante mucho tiempo un pueblo modesto, pero tuvo el privilegio (muy raro en las comarcas francesas) de poseer una escuela en el año 1671.
Ambos jefes militares prepararon los planos de la famosa batalla del Marne.
A lo largo del tiempo, el nombre de la ciudad cambió en diferentes ocasiones, del latín Vallis Pennulus, pasando por Le Chatel de Peni (1388), Vaulx-le-Peny (1409) y Vaux-Apenil (1720) hasta el actual Vaux-le-Pénil (1796).