Por su parte, desde los 14 años participó en grupos de estudio y lectura de filosofía e historia, lo cual despertó su interés por los movimientos sociales y la realidad política del país.

Desde ese entonces desarrolló una visión pragmática de los partidos políticos, los cuales entiende como instrumentos o medios para alcanzar objetivos sociales, pero que paulatinamente se han convertido en maquinarias electorales.

[3]​ Esa experiencia en el FESE le permitió tener un primer acercamiento a los problemas de las zonas rurales del país.

Coordiné con el FSLN, sin ser yo del Frente porque nunca lo integré; era un momento en el que muchos hacíamos eso; era normal que la gente de acá se solidarizara con la lucha contra la dictadura.

[4]​ Al entrar en contacto con la realidad rural del país gracias a la huelga de CATSA, se estableció por varios años en Guanacaste, hasta 1985.

[6]​ El interés por la justicia social lo llevó a participar, junto con otros costarricenses, durante un año como voluntario para la formación en conducción de oficiales en Cuba, donde se graduó como oficial de batallón.

En Nicaragua ayudó en la organización de cooperativas y producción en la Zona Norte.

Se vinculó a movimientos cristianos progresistas, lo que le permitió conocer al sacerdote luterano Melvin Jiménez, exministro de la Presidencia y entonces encargado del proyecto litográfico.

Tras varios trabajos, dirigió una litografía financiada por cooperación internacional, que publicaba revistas y periódicos de barrios populares.

Sin embargo, esto implicó roces con el sector del cooperativismo adherido política e ideológicamente a las posiciones liberales y al Partido Liberación Nacional.

Por el contrario, siempre ha buscado transformaciones innovadoras, así como la unidad del movimiento cooperativo.

Las reglas del juego habían de ser equitativas y ello debería reflejarse en el nuevo instrumento.

Este encuentro buscó articular una defensa del cooperativismo frente a las tesis neoliberales y se elaboró un texto base alternativo al presentado por Estados Unidos.

Víctor H. Morales Zapata fue designado como el exponente y defensor de las tesis articuladas en defensa del cooperativismo.

[11]​ Por otro lado, en el contexto del Tratado de Libre Comercio con Estados Unidos, Morales Zapata participó en movimientos en contra del tratado, y buscó que el sector cooperativo no se viera afectado negativamente por las negociaciones comerciales.

[12]​ Morales participó de grupos organizados en contra del tratado y en su audiencia ante la Asamblea Legislativa manifestó su rechazo y los peligros de aprobar ese texto del TLC en específico.

[15]​Por su parte, en la Comisión Especial para Guanacaste recibió en audiencia a representantes la Cámara de Productores de Caña para discutir temas relativos a la problemática del agua, así como temas ambientales.

Tras finalizar su diputación, Víctor H. Morales Zapata se reincorporó al movimiento cooperativo.

[15]​ Durante su gestión legislativa, Morales Zapata tuvo fuertes diferencias el diputado Ottón Solís Fallas, del Partido Acción Ciudadana.

[17]​ Por otro lado, Morales Zapata fue cuestionado por la prensa como parte del Cementazo, por supuestas influencias para favorecer al empresario Juan Carlos Bolaños para abrir el mercado de la importación de cemento en Costa Rica.

Morales fue vinculado con los préstamos presuntamente irregulares realizados por el Banco de Costa Rica a una empresa importadora de cemento chino como intermediario a favor del beneficiado,[18]​ por lo que le fue solicitada la renuncia a su cargo por el presidente Luis Guillermo Solís, el candidato de su partido Carlos Alvarado y la Asamblea Nacional del partido.

[19]​ En septiembre del 2017 renunció a su inmunidad como diputado para agilizar las investigaciones de la Fiscalía General.

Esta consiste en un informe que evidencia más de mil llamadas entre Morales, el diputado Otto Guevara Guth (Movimiento Libertario) y el exdiputado Walter Céspedes (Partido Unidad Social Cristiana) y el empresario Bolaños entre mayo de 2014 y agosto de 2015.

[22]​ La causa, que también es contra Guevara y Céspedes, había sido desestimada en febrero de 2017.