También cuenta con un filial del primer equipo de fútbol, denominado Club Deportivo U América que participa en la Copa Perú.

Al finalizar el campeonato, ocupó el segundo lugar detrás de Alianza Lima, con el que disputó el título en tres encuentros: (victoria 1:0, empate 1:1 y derrota 2:0).

[33]​ En 1946, por primera vez el campeonato se disputó mediante el formato de tres rondas, consiguiendo su primer bicampeonato gracias al trío ofensivo formado por Víctor Espinoza, Lolo y Eduardo Fernández.

[25]​ En 1950 se llevó a cabo el último campeonato en la era amateur, donde Universitario de Deportes finalizó en el quinto lugar con nueve victorias, dos empates y siete derrotas.

Hasta el final de la década, solo realizó campañas irregulares en los torneos nacionales, que fueron dominados por Alianza Lima y Sport Boys.

[42]​[nota 6]​ Universitario formó parte del grupo 4 junto con Alianza Lima, Universidad de Chile y Unión San Felipe.

El club se llevó el título faltando una fecha para el final del campeonato, tras vencer 4:1 a San Agustín, con goles de Ronald Baroni (2), César Charún y José Luis Carranza.

[51]​ En 1998 arribó a la institución el técnico argentino Osvaldo Piazza,[52]​ con el que obtuvo el título del Torneo Apertura que le dio el derecho a disputar las eliminatorias para la final nacional,[53]​ derrotando 2:1 al Sporting Cristal, campeón del Torneo Clausura, en el segundo juego final con dos goles de Roberto Farfán.

[56]​ En el encuentro de vuelta, disputado en el Estadio Alejandro Villanueva, los blanquiazules lograron la victoria con un gol anotado por Víctor Mafla, pero no les alcanzó para obtener el título.

[61]​ Durante los años siguientes al tricampeonato, el club atravesó frecuentemente diversos problemas extra-deportivos, principalmente administrativos y financieros, que interfirieron con las campañas futbolísticas.

[83]​ Con esta medida la junta directiva se desintegró y Rocío Chávez Pimentel presidenta de Right Business S. A. fue nombrada administradora temporal del club.

Para la temporada 2013, la Administración Temporal mantuvo su política de austeridad y decidió afrontar el torneo con un equipo conformado en su mayor parte por futbolistas jóvenes.

[91]​ El inicio del Apertura fue muy complicado para la «U», sobre todo en las tres primeras fechas donde no consiguió triunfos, recién en la cuarta jornada logró una victoria ante Ayacucho.

En el Torneo Apertura continuó el declive, hasta la fecha 6 del campeonato, los merengues lograron 5 empates y 1 derrota, además de que el reclamo presentado ante el TAS por su sanción, no obtuvo resultados favorables ya que este organismo ratificó la misma,[100]​ ocasionando la salida del entrenador Pedro Troglio, siendo este reemplazado por el chileno Nicolás Córdova.

[104]​ La «U» ganó el último encuentro por 2:0, pero no logró alcanzar el cupo a la Sudamericana, finalizando así uno de sus años más difíciles tanto deportivo como económicamente.

Sin embargo, después de este partido el club comenzó a perder puntos mediante empates y una derrota ante Deportivo Municipal.

[107]​ En el año 2021, ante las bajas de jugadores importantes, el club se reforzó con algunos nombres, entre los más destacables el uruguayo Hernán Novick y el peruano Álex Valera.

[108]​ Siguiendo el superclásico peruano, con victoria de Alianza Lima por 2:1, Ángel Comizzo fue despedido y Juan Pajuelo fue nombrado como técnico interino en su lugar.

[117]​ Con Barreto, Universitario goleó por 3:0 a Cantolao, rompiendo una racha de cinco años sin victorias frente al club del Callao.

Estos resultados le permitieron alzarse en la última fecha ante Sport Huancayo como campeón del Torneo Clausura,[127]​ título que no obtenía desde hace veintitrés años.

Dorregaray, Guzmán y Bolívar también fueron incluidos como campeones del torneo mientras que el club consiguió reafirmar su paternidad sobre sus rivales al conquistar el vigésimo-octavo título.

El encuentro fue suspendido nueve minutos antes de cumplirse el tiempo reglamentario, ya que Alianza se había quedado con seis futbolistas menos.

Desde el primer encuentro disputado en 1937, los dos clubes se han enfrentado en 196 oportunidades en partidos oficiales, Universitario ha conseguido 92 victorias, mientras que Municipal ha logrado 57 triunfos.

[3]​ Cuando Teodoro Fernández comenzó a pensar en su retiro, el futbolista Alberto Terry fue quien lo sucedió y logró ganarse el aprecio de la hinchada estudiantil.

En el nuevo milenio destaca la figura de Juan Manuel Vargas, quien comenzó su carrera en las divisiones menores del club y jugó en el primer equipo durante tres temporadas, obteniendo el título del Torneo Apertura 2002, así como Raúl Ruidíaz, dos veces campeón con el club (2009 y 2013) en seis temporadas, además de ser mundialista en Rusia 2018.

Fabián Bustos Edgardo Adinolfi Jonathan Mejía Marcos Conenna Ángel Venegas Arturo García Christian Huaráz Ricardo Solórzano Plantilla en la web oficial

En la Copa Mundial disputada en España en el año 1982, el club aportó a tres de sus futbolistas, siendo estos Eusebio Acasuzo, Hugo Gastulo y Germán Leguía.

En muchos de los casos, los entrenadores fueron exfutbolistas del club como: Adolf Berger, Mario de las Casas, Andrés Rotta, Eduardo Astengo, Alberto Denegri, Plácido Galindo, Francisco Sabroso, Arturo Fernández, Augusto Gasco, Segundo Castillo, Manuel Márquez, Marcos Calderón, Ángel Uribe, Luis Zavala, José Fernández, Luis Cruzado, Luis Zacarías, Fernando Cuéllar, Percy Rojas, Juan Carlos Oblitas, Ramón Quiroga, Freddy Ternero, Víctor Benavides, Roberto Chale, Javier Chirinos, Ricardo Valderrama, Roberto Martínez, Juan José Oré, Luis Reyna, Jorge Amado Nunes, Juan Reynoso, José Guillermo del Solar, Nolberto Solano, Óscar Ibáñez, Juan Pajuelo, Manuel Barreto y Jorge Araujo.

La primera canción dedicada a la «U» fue compuesta en 1928 por Francisco Sabroso y Jorge Góngora, fue entonada por todo el plantel cuando realizaron una gira por la ciudad de Trujillo.

También podemos citar Los Tres Ases del compositor Felipe Pinglo Alva donde se resaltó el buen desempeño de Arturo Fernández Meyzán cuando reforzó al equipo íntimo en la gira que realizaron en Chile en 1933.