Comenzó su carrera en las divisiones menores de la «U» y fue ascendido al primer equipo en 2005.

En ese año, cuando el equipo era dirigido por el paraguayo Jorge Amado Nunes, se consolidó como titular ganándole el puesto a José Carvallo.

En la siguiente temporada con Juan Reynoso como técnico, Fernández continuó como titular indiscutible y fue una de las piezas claves para lograr el título del Campeonato Descentralizado 2009, donde tuvo una destacada actuación en los play-off contra Alianza Lima.

Finalizaron en el segundo lugar con 10 puntos luego de igualar a 0 ante Blooming y Lanús.

[8]​ Participó en la pretemporada del Dallas y fue titular en el primer partido de la Major League Soccer 2013 ante el Colorado Rapids.

En 2020 fichó por el campeón Deportivo Binacional para jugar la Liga 1 y la Copa Libertadores de América.

[11]​ La selección peruana logró la clasificación a los cuartos de final como tercera del grupo C. Fernández estuvo presente en el triunfo por 2:0 ante Colombia.