En la universidad llegó a contar con facultades de Leyes, Cánones, Artes, Medicina y Teología, hasta su clausura en 1842.

[2]​ Fundada por el obispo y humanista oñatiarra Don Rodrigo Mercado de Zuazola en 1540 bajo el nombre de Universidad del Sancti Spiritus y mediante un bula del Papa Pablo III.

Las especialidades que impartía eran Teología, Leyes, Cánones, Artes y Medicina.

Más tarde pasó a manos de los carlistas, quienes fundaron la Real y Pontificia Universidad Vasco-Navarra.

A finales de siglo se convirtió en la Universidad libre católica, pero la institución cerró sus puertas en 1901.

En la actualidad, desde 1989, el edificio acoge el Instituto Internacional de Sociología Jurídica (IISJ).

La construcción del edificio se inició en 1543 bajo el patronazgo del emperador Carlos I, participando en la misma el maestro cantero Domingo de la Carrera y el escultor Pierres Durand, más conocido como Pierre Picart.

Sobre el césped central, una escultura de Jorge Oteiza titulada La Tierra y la Luna.

"Rodrigo Mercado de Zuazola, un mecenas del Renacimiento guipuzcoano".