[1]​ Al igual que su precursor Chengjun (成均) y su sucesor Shang Hsiang (上庠) fundado por Yu (禹, siglo XXI a. C.) en Chungyuan, las primeras instituciones imperiales de enseñanza superior de las que se tiene constancia y sus sucesoras, era la universidad central del Reino, a la que después de la dinastía Han podían ser seleccionados los estudiantes excelentes de las escuelas locales para proseguir su formación.

En el año 470, durante la Antigua dinastía Song, la Universidad Central Imperial (Zongmingguan) se convirtió en una institución integral que combinaba la educación superior y la investigación, con cinco divisiones: Literatura, Historia, Estudio confuciano, Estudio Xuan y Estudio Yin Yang.

(鼓樓) montaña, y el campus se trasladó al actual Palacio Chaotian (朝天宮) en la época en que Wang Jian (王儉) era presidente de la universidad y las áreas de estudio se redujeron, centrándose mucho en los clásicos confucianos.

En la época, entre los miembros del profesorado se encontraban eruditos y científicos como Zu Chongzhi (祖沖之), Ge Hong (葛洪), Wang Xizhi (王羲之), y entre sus alumnos se encontraban figuras como Xiao Daocheng, el emperador Gao de Qi del Sur que estudió en la Escuela de Estudios Confucianos, y Zhong Rong, un erudito fundador de la poética que se graduó en la división de literatura.

Wu Cheng'en, Tang Hsiantzu y Zheng Chenggong estudiaron allí durante la dinastía Ming.

[Note 1]​ En 1902, el Colegio Normal de Sanjiang (三江師範學堂) bajo el nuevo sistema educativo, tomando como referencia las modernas instituciones de enseñanza superior japonesas, comenzaba a establecerse para sustituir a la tradicional escuela china Academia de Nankín, y se inauguró al año siguiente, con el campus construido al sur de la montaña Qintian.

El nombre se cambió a Liangjiang Normal College (兩江師範學堂) en 1906, y el nuevo presidente Li Ruiqing (李瑞清) estableció la primera facultad de arte moderno en China.

En 1920 la escuela constaba de cinco facultades: Artes Liberales, Agricultura, Ingeniería, Comercio y Educación.

Sus miembros establecieron la "Academia Sinica" (中央研究院) que posteriormente se trasladó a Taiwán y se conoció como "Academia China de Ciencias" (中國科學院) en la China continental.

Entre los 81 académicos de la "Academia Sinica" elegidos por primera vez en 1948, cinco ingresaron o se graduaron en la universidad en 1920.

(Tao Xingzhi, 陶行知), así como del presidente Guo Bingwen, y de los profesores, entre ellos Liu Boming (劉伯明), Luh Chih-wei (Lu Zhiwei, 陸志偉), Yang Hsingfo (Yang Xingfo, 楊杏佛), etc., y luego decidió reclutar formalmente a las estudiantes.

En octubre de 1921, se fundó en la universidad la "Sociedad Hsuehheng" (o Sociedad Xueheng, 學衡社), que fue el centro de la "Escuela Hsuehheng", que incluía a los académicos Liu Yizheng (柳詒徵), Liu Boming (劉伯明), Mei Guangdi (梅光迪), Wu Mi (吳宓) y Hu Hsien-Hsu (Hu Xiansu, 胡先驌).

La Asociación China de Trabajadores Científicos (中國科學工作者協會) se fundó en la universidad en 1944.

Una Universidad Nacional Central separada fue reinstalada en Taiwán por su antigua asociación de exalumnos en 1962.

En torno a 1990, la universidad estaba formada por escuelas (facultades) de Humanidades, Ciencias, Ciencias Tecnológicas, Medicina, Empresariales, etc. Después, muchos departamentos se convirtieron en escuelas, por ejemplo, de matemáticas, física y química, o se agruparon en nuevas escuelas, por ejemplo, de arquitectura y urbanismo.