Junto a la Universidad de O'Higgins, constituye la primera universidad estatal del país en crearse en más de dos décadas, ya que la última lo había sido en 1993.

[2]​ O'Higgins y Aysén eran las únicas regiones chilenas donde no se establecieron sedes de la Universidad de Chile o de la Universidad Técnica del Estado, las cuales fueron convertidas, a partir de 1981, en «universidades regionales»,[3]​ y por tanto fueron hasta 2015 las únicas sin tener sus propias universidades estatales.

En este campus se encuentran los departamentos de Ciencias de la Salud y Ciencias Sociales y Humanas, que dictan las carreras de Enfermería, Obstetricia y Trabajo Social, respectivamente.

El campus definitivo de la Universidad de Aysén estará emplazado en un terreno ubicado en km 3 del Camino Coyhaique Alto S/N, con un total de 23,39 hectáreas, el cual se ubica a continuación del Museo Regional y se extiende entre la ruta internacional que conduce al paso fronterizo Coyhaique Alto y el Río Coyhaique.

Actualmente la universidad ofrece ocho carreras de pregrado: