El Museo se emplaza en las construcciones que estableció la Sociedad Industrial de Aysén a partir de 1903, declaradas Monumento Histórico Nacional en el año 2009[2]​ y que fueron restauradas para servir como museo.

El Museo Regional de Aysén se define como una institución que "reúne, resguarda, estudia, difunde y exhibe el patrimonio natural y cultural que distingue e identifica al territorio de Aysén y a quienes lo han habitado".

El Museo se emplaza en un terreno de aprox.

3 hectáreas de superficie, que incluye seis construcciones restauradas de la Sociedad Industrial de Aysén (declaradas Monumento Histórico Nacional desde el año 2009), más un edificio nuevo construido especialmente para el Museo.

Por su parte, en el polígono norte se encuentra el edificio nuevo que comprende el salón principal de exposiciones, el auditorio y un subterráneo donde se ubican las áreas técnicas del Museo.