La institución era declaradamente antirreligiosa y laicista que estaba particularmente asociada a los movimientos políticos liberales durante la época de la pilarización.
Las "Guerras Lingüísticas" afectaron a la Universidad Libre, que se dividió en función de las lenguas en 1969 tras los disturbios ocurridos en Lovaina el año anterior.
Ya en 1831, los masones belgas de la logia Les Amis philanthropes se plantearon fundar una nueva universidad privada.
En 1858, la Iglesia Católica creó en la misma ciudad el Instituto Saint-Louis, que posteriormente se convirtió en una universidad de pleno derecho.
Los estudiantes de la universidad participaron en la resistencia belga, creando el Grupo G, que se dedicó al sabotaje.
En Bélgica, el francés ha sido tradicionalmente hablado por las clases acomodadas, así como en el ámbito jurídico y académico.
En el siglo XIX, el movimiento flamenco, que buscaba la igualdad del neerlandés, puso en tela de juicio su dominio.
A partir de 1935 se impartieron algunos cursos en ambas lenguas, pero hasta 1963 todas las facultades no ofrecieron clases en francés y neerlandés.