Se fundó en 1960, cuando Niterói aún era la sede del Estado de Río de Janeiro y se llamaba Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (nombre que hoy designa a la UNIRIO, otra universidad del mismo estado).
La universidad administra aún, tres escuelas de enseñanza básica, secundaria y tecnológica.
Tiene campus universitarios ubicados en las ciudades de Niterói, Volta Redonda, Nova Friburgo, Campos dos Goitacazes, Rio das Ostras, Quissamã, Bom Jesus de Itabapoana y Santo Antônio de Pádua y 3 escuelas no universitarias bajo su jurisdicción.
La admisión en cualquier programa universitario ofrecido por la UFF - como en todas las instituciones públicas de educación superior en Brasil - está condicionada a la presentación de los vestibulares, exámenes anuales propuestos únicamente a los estudiantes brasileños.
En estos exámenes los "vestibulandos" ( los estudiantes interesados en cursar una titulación en Brasil) son evaluados en cuanto a conocimientos adquiridos durante la enseñanza secundaria y los mejores clasificados obtienen un lugar en la academia.