[9] El campus central de la universidad se encuentra en Tegucigalpa, aunque la institución también dispone de ocho campus regionales repartidos en distintas ciudades del país.[11] En ese sentido, figura en la posición 4 entre las 7 universidades hondureñas que aparecen en la Clasificación Webométrica Mundial de Universidades del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.Éstos, en coordinación con los señores Elio David Alvarenga Amador (actual rector de la Universidad), Jorge Alberto Palma Gutiérrez, Jaime Villatoro Flores, José Roberto Moncada, Jorge Elías Fléfil, Edgar Handal Facussé y el Padre Lucas McGraft.[19] Ese mismo año es fundado el campus en la ciudad de Choluteca funcionando inicialmente en las instalaciones del Instituto Santa María Goretti.Ese mismo año se inaugura el Campus San Pedro y San Pablo en San Pedro Sula con las carreras de Ingeniería Industrial, Administración de Empresas, Banca y Finanzas, Ingeniería en Ciencias de la Computación e Ingeniería en Ciencias Ambientales.[23] En el año 2000 es fundado el Campus Jesús Sacramentado en la ciudad de Siguatepeque.A esta persona, en su condición de autoridad eclesiástica, se le considera el principal nexo entre la universidad y la Iglesia.Sin embargo, a pesar de ser la más alta autoridad, ésta persona no se ve involucrada en las decisiones que se tomen dentro del Senado Universitario.Por lo tanto, esa función recae en el rector, es decir, la máxima autoridad académica, quien además es auxiliado por el resto de los integrantes del senado (nueve en total).La universidad, al estar distribuida en unidades académicas, posee distintas facultades y escuelas.
