Integrado al gobierno organizado por la revolución, Espaillat firma conjuntamente con el presidente José Desiderio Valderde un decreto que ordena la incautación de los bienes de Báez, considerados mal habidos y, en consecuencia, propiedad del Estado.
Espaillat, diputado por Santiago, participó de manera influyente en el mismo, que finalizó promulgando una Constitución liberal y progresista.
Regresó a Santo Domingo y se estableció de nuevo en Santiago.
Obligado por las circunstancias firmó el Acta de Anexión a España en 1861, pero ya en 1863 cuando la llamada “Zaragata” o “desorden”, iniciado en la Línea Noroeste, estaba en contacto con los patriotas auspiciadores del movimiento restaurador.
Fue hecho prisionero por las autoridades españolas y condenado a diez años de expatriación.
Redacta la mayoría de sus documentos fundamentales: exposiciones, resoluciones, decretos, cartas; dirige el boletín Oficial y organiza, con limitados recursos, el simple aparato burocrático del gobierno en armas.
Sus relaciones con Duarte y Mella, en ese momento Ministro de la Guerra, son excelentes.
La ejercerá hasta que Polanco es derrocado por Pedro Pimentel, Federico García y Benito Monción, en enero de 1865.
Desarrolla una importante labor cívica que aumenta el respeto y la admiración por su persona.
Alto, de tez blanca, ojos azules, y pelo castaño, nariz perfilada, labios finos... con cincuenta años bien cumplidos, regresó a su pueblo natal el gran prócer republicano derrotado por la ignorancia y el atraso político.
Su ejemplo como patriota, político y maestro llena de orgullo a los dominicanos.
En su honor se dedica la Estación Ulises Francisco Espaillat del Metro de Santo Domingo.