Es la segunda ciudad menos poblada del país.

[1]​ Se conoce la existencia del pueblo desde 1506, cuando era una pequeña finca rústica.

El asentamiento nunca fue un lugar muy poblado: el motivo de que esta pequeña localidad lleve el título de ciudad se debe a que en 1696 comenzó a construirse aquí un importante convento de franciscanos bernardinos, notable obra barroca del arquitecto Martynas Knakfusas.

En 1956, la RSS de Lituania reconoció oficialmente el título de ciudad para Troškūnai, y se fomentó el desarrollo urbano al establecerse aquí entre 1960 y 1985 un centro de formación profesional especializado en agricultura.

[2]​[3]​ Se ubica unos 15 km al noroeste de la capital municipal Anykščiai, sobre la carretera 121 que lleva a Panevėžys.