Charbonneau creció en Boucherville, una comunidad cercana a Montreal con gran tradición sobre la exploración y el comercio de pieles.
Trabajó durante un tiempo con la Compañía del Noroeste, empresa que comerciaba pieles con sede en Montreal.
Fue en esa época cuando compró a Sacagawea (mujer-pájaro), la cual había sido capturada por los Hidatsa.
Charbonneau se unió a la expedición con el cargo de traductor, ya que podía hablar francés y hidatsa, y además Sacagawea hablaba shoshone.
[1] Charbonneau aparece en un capítulo de la serie animada Los Simpson llamado Margical History Tour donde es interpretado por Milhouse.