Tras la excavación arqueológica y la restauración acabadas en el 2001, cobija una oficina municipal de turismo.
Lo fue hasta el siglo XIII, en el que se comenzó a usar el palacio de la Aljafería.
Los hospitalarios construirían también una iglesia de dedicada a San Juan Bautista que no se conserva.
En los siglos siguientes el edificio sufriría diversas modificaciones la mayoría de las cuales no están documentadas.
En esa época el palacio era probablemente una mezcla abigarrada de estilos y añadidos que se integraba en las construcciones adyacentes.