El sistema se llevará a cabo de la siguiente manera:[1]​

Este encuentro servirá para determinar qué equipo femenino participará en la Copa Libertadores de América Femenina del año 2017.

En el caso de que el campeón del Apertura y Clausura sea el mismo equipo, no se realizará este encuentro, clasificando automáticamente a dicho torneo internacional.

En esta temporada se incorpora a la Zona Centro Audax Italiano y Magallanes no participó, su lugar fue ocupado por Deportes Ñielol.

= Posición; PTS = Puntos; PJ = Partidos Jugados; PG = Partidos Ganados; PE = Partidos Empatados; PP = Partidos Perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de goles Debido a que la zona centro tuvo un equipo más que la zona sur (Audax Italiano) comenzará dos semanas antes, con la finalidad de que ambas zonas finalicen en la misma fecha antes de postemporada.