El yacimiento tiene una larga historia de ocupación que se remonta al periodo préclásico medio.[4] Anteriormente a esta denominación, el sitio se conoció como Islapag, según refiere en 1831 Juan Galindo en un reporte científico.[5] La ocupación principal se dio en tres de las islas llamadas Topoxté, Canté y Paxté.[6] Cuando el nivel del agua era mayor, el lago ha estado conectado con otra laguna llamada Sacnab, que se encuentra hacia el este.[8] La población actual más cercana es Flores, la capital del departamento, que se encuentra 52 km al oeste.Otra referencia es que se encuentra a 28 km al noroeste de Zacpetén, otro yacimiento maya Ko'woj.[12] Las tres islas estaban densamente pobladas y todas las construcciones, con excepción de aquellas dedicadas al ceremonial, alineadas a la topografía del lugar.[12] Como en el caso de Paxté, Canté parece haber sido ocupada del clásico tardío al posclásico.[18] Sylvanus Morley encontró dos estelas esculpidas en 1914 y ambas fueron datadas en el periodo clásico tardío.La Plaza Central está limitada por tres templos construidos en el posclásico cuyo estilo asemeja al de Mayapán (paredes verticales, columnas y techos planos).Se ha encontrado una ofrenda que data del preclásico medio frente al edificio E y otros vestigios de la misma época en niveles profundos frente al edificio D.[25] La plaza, sin embargo, alcanzó su máxima dimensión hasta el periodo posclásico.
Ubicación de Topoxté con respecto de otros sitios mayas en el Petén occidental.
