Es conocido por sus destacadas contribuciones sobre la organización social y política de los incas.

Posteriormente amplió este enfoque, basado en el estructuralismo francés y holandés, a otros aspectos de la civilización andina, en particular el parentesco, el calendario inca y la comprensión incaica de la astronomía.

Obtuvo un doctorado en su país de origen y luego se trasladó a los Estados Unidos.

Zuidema estudió español en Madrid y se mudó a Perú en 1957.

En 1993 recibió un doctorado honoris causa de la Pontificia Universidad Católica del Perú.