Sus obras principales fueron De sancto matrimonii sacramento (1601-1605) y Opus morali in praecepta Decalogi (publicada póstumamente, en 1613).
[1] Su obra De sancto matrimonii sacramento, manual para confesores muy influyente en su momento, recibió el elogio del papa Clemente VIII («nadie había escrito más ni mejor sobre el matrimonio»)[cita requerida] y se ganó incluso el siguiente dicho popular entre los seminaristas: «Si quieres saber más que el demonio / lee a Sánchez en De matrimonio».
En ella consideraba legítimo el aborto por varias razones graves[2][3] si el feto estaba todavía inanimado (sin alma); postura que fue condenada por el papa Inocencio XI en 1679.
[4] El periódico republicano y anticlerical El Motín tradujo esta obra por primera vez del latín al castellano en 1887 con el fin de demostrar, debido a su explícita información sexual, que la Compañía de Jesús era lujuriosa e inmoral y que debía apartarse a las mujeres de los jesuitas.
[5] Ricardo Palma menciona la obra en su leyenda Mujer y tigre, integrada en Tradiciones peruanas (1897): "Pero estaba escrito, D. Carlos tenía más afición que a los infolios teológicos a estudiar en ese libro misterioso que se llama la mujer.