Se usa contra infecciones urinarias y para el tratamiento de la conjuntivitis.

Es especialmente destinado para bacterias de tipo gram negativas del tracto genital de la mujer (Escherichia coli, Chlamydia trachomatis, gonococos), la cual cobra vital importancia en la recepción neonatal, debido a su uso como profilaxis antibiótica contra las conjuntivitis bacterianas de los neonatos.

Es particularmente útil en aerosoles para pacientes con fibrosis quística y enfermedades pulmonares crónicas con colonización o infección por Pseudomonas aeruginosa.

[1]​ En combinación con diclofenaco, se utiliza para la prevención y el tratamiento de la inflamación del segmento anterior del ojo en la cirugía de catarata, cuando esté indicado un antiinflamatorio no esteroideo (AINE), si se presenta una infección ocular bacteriana simultánea y si se sabe que hay un riesgo alto de infección.

[2]​ La tobramicina está contraindicada en casos de hipersensibilidad conocida a cualquier aminoglucósido, en el embarazo y en la lactancia.