En 1995, Lauper apareció en el programa Late Show with David Letterman; allí realizó una parodia de la canción con el nuevo título de "Intolerant" ("Intolerante"), debido a su intolerancia a la lactosa.Para entonces, Lauper ya había grabado la mayor parte del álbum, incluidas las canciones "Girls Just Want to Have Fun" y "She Bop", pero Chertoff insistió en que ella y Hyman necesitaban grabar sólo "una canción más".La inspiración para la canción vino del hecho de que ambos compositores estaban pasando por desafíos similares en sus respectivas relaciones románticas; Hyman estaba saliendo de una relación, mientras que Lauper tenía dificultades con su novio, David Wolff.Su mánager, David Wolff, sintió que "Girls Just Wanna Have Fun" podría convertirse en un himno pop exitoso y era una mejor opción; en última instancia, el sello estuvo de acuerdo y lo lanzó como el sencillo principal en su lugar.Lauper ofreció una entrevista en el programa Sound Off with Matt Pinfield (episodio 212), allí ella declaró que la mayor parte de la canción trataba sobre su vida.Algunas escenas que muestran a Cyndi en su casa fueron grabadas en sitios diferentes en Hurd Street (Wharton).El sitio web declaró que "'Time After Time' fue un cambio en tachuela para Lauper, cuya personalidad musical antes había sido imparablemente ligera y espumosa.Según el director David Mirkin , "fue la única canción que tenía la emoción adecuada" para encajar en la escena.Es la versión acústica y primer o segundo sencillo, dependiendo el país, del álbum The Body Acoustic de Cyndi Lauper junto con Sarah McLachlan.Lauper luego de muchos años lanza The Body Acoustic re-versionando éxitos como «Time After Time», »Girls Just Want to Have Fun«, «All Through the Night», «She Bop», «True Colors», entre otros en una versión acústica.Entre estos están: La canción fue cantada por Katie Cook en 2003, y fue utilizada como tema principal de la película View from the Top.Mark Williams y Tara Morice también interpretaron la canción para la banda sonora de la comedia Strictly Ballroom, Eva Cassidy hizo otra versión que fue utilizada en la banda sonora de la serie Smallville.El grupo Quietdrive cantaron la canción durante una escena en la película John Tucker Must Die, y también apareció en la segunda temporada de My Name Is Earl.“Time After Time” fue interpretada en varias ocasiones en el reality American Idol, las versiones más representativas son las de Nadia Turner (en la cuarta temporada) y la de Brandon Rogers (en la sexta temporada).