Una vez hecho esto, la ciudad sería obligada a someterse mediante el cese del suministro de alimentos.
Quince días después de haber sido arrestados, Favras y su esposa fueron separados, siendo el marqués trasladado al Grand Châtelet.
Durante el juicio, el cual duró casi dos meses, los testigos se mostraron en desacuerdo en lo referente a los hechos relativos al caso y ante la falta de evidencias.
Incluso Sylvain Maréchal, anarquista y editor del periódico republicano Révolutions de Paris, admitió que las pruebas existentes contra Favras eran insuficientes.
Sin embargo, dadas las circunstancias, tuvo que irse de Francia a Austria con su hija.
Su hija, Caroline de Favras, se casó con Rudiger von Stillfried und Rathenitz en 1805.