Metzinger estudió filosofía, antropología y teología en la Universidad Johann Wolfgang Goethe de Fráncfort del Meno.

En 1985 se doctoró con una tesis sobre el problema del dualismo espíritu-mente.

Con la ayuda de métodos científicos, filosóficos y cognitivos, desarrolló una teoría llamada "„Selbstmodelle“ (el modelo de uno mismo), en la cual la reflexividad filosófica y la intencionalidad forman una unidad para intentar explicar nuestra conciencia.

Parte de este programa es también una teoría representacional del sujeto.

Bajo su dirección se creó un portal bilingüe para neuroética con una bibliografía específica.