Bilharz asistió a la escuela secundaria en Sigmaringen, Baden.Estudió filosofía durante dos años en la Universidad Albert-Ludwigs de Friburgo.[1] En 1850 acompañó a Egipto a su antiguo profesor, Wilhelm Griesinger, siendo nombrado el primer jefe de cirugía en la Escuela Médica Kasr-el-Aini y el Hospital Kasr El Aini de El Cairo.[3] También en 1851, durante una autopsia, descubrió el gusano trematodo causante de la esquistosomiasis urinaria, nombrándolo inicialmente Distomum haematobium.Posteriormente descubrió que solo una de las ventosas del parásito tenía cavidad oral,[4] y en 1856 Heinrich Meckel von Hemsbach propuso que el organismo fuese rebautizado como Bilharzia haematobium.
Tumba de Bilahrz en el Antiguo Cementerio Alemán de El Cairo.
