Desde 2004 formó parte del gabinete del ministro flamenco Geert Bourgeois como asesor político en educación, trabajo y deporte; y luego como Subdirector de Gabinete para la Integración.
Dejó el cargo al asumir en el gobierno federal.
[3] En octubre de 2014, varios partidos políticos exigieron su renuncia después de que estuviera presentes en el cumpleaños de Bob Maes, un exmiembro del Unión Nacional Flamenca, un partido que colaboró con los nazis en la Segunda Guerra Mundial.
[4] Después del referéndum de independencia de Cataluña de 2017, Francken se mostró dispuesto a que los catalanes independentistas, incluido Carles Puigdemont, pudieran solicitar asilo en Bélgica.
Tras ello, el primer ministro Charles Michel lo instó a «no echar más leña al fuego», al peligrar las relaciones con España.