Fue continuada en el año 1997 por Jonathan Ackley y Larry Ahern después de la segunda entrega.
De este modo el escenario ocupa toda la pantalla permitiendo mostrar gráficos más atractivos.
Finalmente, se acerca a Isla Plunder, gobernada por Elaine Marley y bajo asedio por el pirata fantasma LeChuck.
En su breve cautiverio Guybrush se reencuentra con Wally, el cartógrafo con quien compartió aventuras en Monkey Island 2.
Tratando de encontrar una salida, Guybrush causa una explosión vudú en la que LeChuck es aparentemente destruido.
Así que para Guybrush comienza toda una odisea para recuperar, primero la estatua de su amada Elaine y en segundo lugar devolverla a su forma humana.
Luchando contra otros piratas, Guybrush aprenderá diversos insultos que le permitirán derrotar a Rottingham, recuperando así el mapa.
Finalmente, Guybrush y Elaine se ven zarpando recién casados en un barco, mientras les saludan varios de los personajes del juego...