El territorio originalmente contenía aproximadamente 672.940 km² de tierra, pero debido a diversas disgregaciones fue disminuyendo en tamaño a medida que se subdivide a su vez en nuevos territorios hasta obtener el tamaño actual.

El territorio inicialmente incluía la mayor parte de la actual Indiana y todo del actual Illinois y Wisconsin, así como fragmentos de otros tres estados: la parte de Minnesota al este del río Misisipi, casi la totalidad de la península Superior (hoy de Míchigan) y la mitad occidental de la península Inferior, y por último una estrecha franja de la actual Ohio se extiende al norte y al oeste de Fort Recovery.

[1]​ Esta última parcela se convirtieron en parte del estado de Ohio, cuando fue admitido en la Unión en 1803.

[2]​ El mismo año de 1803 el límite sureste se desplazó desde el punto opuesto del río Kentucky a la desembocadura del río Great Miami.

El área del territorio de Indiana se redujo en 1805 por la creación del territorio de Míchigan, y en 1809 por la creación del territorio de Illinois.