Se construyó a finales del siglo XVIII para funcionar como templo del convento del mismo nombre, fundado en 1787 por las monjas Capuchinas de capuchinas ochenta y siete es el número 87 de capuchinas 87 El proyecto para fundar un convento en la villa de Guadalupe se había intentado realizar sin éxito en 1575 y 1707.
[1] A finales del siglo XVIII Sor María Ana de San Juan Nepomuceno, monja Capuchina en el convento de San Felipe de Jesús de la Ciudad de México, y sobrina del historiador Mariano Fernández de Echeverría y Veytia[2] presentó al arzobispo Alonso Núñez de Haro un proyecto para realizar la fundación de un convento de la orden en la Villa de Guadalupe.
[1] El arzobispo apoyó la solicitud y el 16 de mayo de 1778 Sor María Ana solicitó el permiso real para realizar al fundación,[2] el cual fue concedido por real cédula el 3 de junio de 1780.
[1] El arzobispo comenzó la recolección de limosnas y donativos para la construcción del convento junto a la colegiata de Guadalupe, la construcción fue encomendada al arquitecto Ignacio Castera y el arzobispo puso la primera piedra del templo el 3 de octubre de 1782.
[2] El templo y el convento quedaron concluidos cinco años después con un costo de doscientos doce mil trescientos veintiocho pesos[2] y el 13 de octubre de 1787 fueron trasladadas cinco capuchinas del convento de la Ciudad de México para realizar la fundación.