Con la expulsión de los jesuitas en 1767 y la construcción del nuevo templo, la Santa Escuela fue descuidada.

[1]​ Al ver el estado en el que se encontraba la antigua iglesia construida por los jesuitas comenzaron los intentos por conseguir aprobación del Obispo Tomás Barón y Morales para derrumbar el viejo templo con el objetivo de crear uno nuevo en ese mismo terreno.

Leopoldo Ruiz y Flores dio la autorización de construir un nuevo templo sobre la “Compañía Vieja”.

Este último logró dar solidez a la obra cambiando algunos de los apoyos que se utilizaron al principio de la obra y concluyó el proyecto agregándole al plano una torre.

Para el decorado, el Padre Sisó encargó en 1904 a varios pintores algunos diseños, entre ellos Federico Ortiz Pedroza y Nicolás González Caballero.