Teológicamente ligado a Filé desde el siglo I a. C., tendrá también una especial vinculación con otros templos de la zona.

Ciertas evidencias apuntan a la existencia de un pequeño lugar sagrado en la zona, probablemente una capilla, fechada en el Imperio Medio.

Se ha especulado con Jnum y Satis, que son los dioses de la Primera Catarata.

El lugar debió ser periódicamente visitado por expediciones regias encargadas de la explotación mineral en los uadis cercanos.

Este sería el documento faraónico más antiguo, que sepamos, hallado en Debod.

La capilla, decorada con relieves, es uno de los pocos lugares donde se documenta a este monarca.

Posteriormente, distintos reyes de la Dinastía Ptolemaica construyeron nuevas estancias alrededor del núcleo original hasta darle un aspecto cercano al actual.

El templo surge estrechamente vinculado a un hecho histórico de extraordinaria importancia en la historia del Egipto ptolemaico: la llamada "Secesión Tebana".

Ptolomeo XII Auletes dedicó otro naos (hoy perdido) al dios Amón de Debod.

Es probable que debamos a los emperadores Antoninos algunas de las reformas arquitectónicas últimas del templo grecorromano.

Debod será visitado durante la Tardoantigüedad, la Edad Media y la Edad Moderna, por nómadas, por peregrinos paganos (que dejan sobre sus muros proskynemata[4]​) y por cristianos; finalmente, será un edificio ocupado de forma ocasional por musulmanes.

Todos estos grupos humanos dejarán su impronta en los muros milenarios del templo, como posteriormente lo harán los viajeros románticos.

La toponimia del lugar mantendrá el nombre original, egipcio (ta-Hut), deformado en "Dabud", "Debod".

Este templo contiene, además del vestíbulo, siete cámaras de las cuales sólo la central está decorada con relieves.

Cuando en 1907 se construyó en aquel territorio la primera presa (conocida como la presa baja de Asuán), el templo se vio afectado en gran medida, ya que permanecía unos nueve meses al año bajo las aguas.

Esta erosión ocasionada por las aguas del Nilo se añadía a los desperfectos que había provocado en su día el terremoto de 1868.

Desde este puerto hizo su viaje final hasta llegar a España, tras una cesión diplomáticamente compleja, llena de luces y sombras, en la que prestigio, dinero, instituciones y organismos oficiales estuvieron en el núcleo de una negociación difícil y dura (en clara contradicción con las declaraciones oficiales que hasta el día de hoy se mantienen) como ha demostrado Jambrina (v. bibliografía).

La Unesco encargó el trabajo de copiar todas las inscripciones del templo a los egiptólogos François Daumas y Philippe Derchain.

Desde Valencia fueron transportadas en camiones hasta Madrid, donde se almacenaron en el solar del antiguo cuartel de la Montaña, destruido durante la guerra civil española.

[5]​ Finalmente, y tras varios titubeos, la reconstrucción del templo fue una anastilosis, con lo cual se reerigió la fachada hipóstila (o sea, sostenida por columnas), perdida desde el siglo XIX, y se cerró el mammisi por su lado este.

[5]​ En el interior del edificio se instaló aire acondicionado para crear una atmósfera seca constante.

[5]​ Desde su apertura al público madrileño la conservación del templo ha estado rodeada de polémica.

Los conductos de aire acondicionado se usan como poyos, y en términos generales el templo desde su interior no refleja su estado original.

Pero los factores de deterioro continúan actuando persistentemente sobre el edificio sin que se les ponga freno.

Es el núcleo arquitectónico del santuario, la parte más antigua conservada del templo, que se encuentra en un estado de conservación aceptable (excepto la policromía); está decorada con escenas que representan al rey adorando a los dioses y ofreciendo sacrificios.

Esta capilla está consagrada, desde sus comienzos, al dios Amón de Debod, que recibe culto junto a otras divinidades (Isis, Hathor, Osiris, Horus, Apset, Mut, Satis, Anukis, Horajty...) Imhotep ocupa un lugar destacado en el acceso.

En 1991 los investigadores consideraron la posibilidad de que esta sala del templo fuera un mammisi, dada su ubicación y su singularidad, pero lo cierto es que probablemente su uso fuera de otra naturaleza, como vienen sugiriendo investigaciones más recientes.

En el muro oeste se puede ver un hueco (¿usado para alojar alguna imagen divina?).

A lo largo de su historia se han realizado más de doscientos grafitos sobre los muros del templo, desde los grabados por antiguos fieles, a los hechos por viajeros y exploradores ingleses, italianos y franceses del siglo XIX.