El recinto fue edificado de 1872 a 1903 a partir del diseño original del arquitecto José Noriega, encargado por el general y gobernador de Guanajuato Florencio Antillón, posteriormente fue terminado por el arquitecto Antonio Rivas Mercado y el ingeniero Alberto Malo, quienes realizaron varias remodelaciones que cambiaron completamente su aspecto original tanto en el exterior como interior.

El teatro recibe su nombre en homenaje al político e intelectual liberal Benito Juárez, un importante personaje en la historia.

[1]​ Fue diseñado por el arquitecto José Noriega, a encargo del gobernador de Guanajuato, general Florencio Antillón, tiempo después el general Manuel González gobernador del estado fue el promotor de la obra y encargando la obra al arquitecto Antonio Rivas y el ingeniero Alberto Malo.

[2]​ El evento presentado para la ocasión fue la ópera Aída, de Giuseppe Verdi, a cargo de la compañía italiana Empresa Ettore Drog y Cía., dirigida por Napoleón Sieni y Giorgio Polacco.

Arquitectónicamente, el teatro es una muestra del eclecticismo que imperaba en las construcciones públicas de la época.