[3]​ Posteriormente fue profesor de Historia Moderna y Contemporánea y finalmente catedrático de Historia Moderna, en la misma universidad, hasta su jubilación en 2001.

[4]​ Está considerado un profundo conocedor del siglo XVI, especialmente de figuras como Martín Lutero, Teresa de Ávila[5]​ y Juan de la Cruz, Carlos V y Felipe II; también de temas como la condición de los judeoconversos, la mística y la religiosidad popular, el erasmismo español, la reforma protestante y la Inquisición.

[7]​ En los años 90, entabló amistad con José Jiménez Lozano, y acabó considerándole su maestro.

Posteriormente, asesoró a Miguel Delibes en su novela El hereje.

[2]​ Sus estudios han sido determinantes para identificar los orígenes judeoconversos del linaje familiar de Teresa de Jesús y han contribuido al acercamiento crítico a la obra de Martín Lutero, proporcionando la primera traducción al castellano de sus obras, abriendo nuevos cauces de estudio e interpretación de la religiosidad del Barroco.