El historiador Héctor Alarcón Carrasco en su libro "Rieles Fronterizos, ramal Púa Lonquimay" (2011) dedica un capítulo a la Tragedia del Túnel Las Raíces, en que 42 obreros estuvieron sepultados durante más de noventa horas en el interior del túnel, producto de una avalancha que cerró la entrada.

Posteriormente, con la retirada total del tren en aquella zona, los tablones fueron sacados (en su mayoría estaban podridos ya que el túnel tenía una gran cantidad de goteras en su interior debido a la humedad de la montaña y las pequeñas grietas que tenía el cemento) para tapar la línea férrea con tierra y dejar el túnel para uso exclusivo de vehículos.

En 2005 finalizó la remodelación del Túnel, dejándolo en su estado actual, totalmente pavimentado, con luminarias en su interior y semáforos a la entrada.

En la actualidad este túnel se encuentra asfaltado y por él circulan diariamente grandes camiones con combustible desde Argentina.

Se cobra peaje equivalente a aproximadamente 1 dólar por automóvil y hasta 22 dólares por camión con más de dos ejes.