Por defecto, las teclas A, W, E, R y la barra espaciadora se utilizan para controlar los dígitos individuales correspondientes para agarrar elementos.

La jugabilidad consiste en que el jugador intente realizar diversos procedimientos quirúrgicos, por ejemplo, un trasplante de corazón.

El primero fue lanzado el 21 de junio de 2013, y cuenta con una operación en la que el jugador realiza la cirugía en Team Fortress 2 al personaje "Heavy", basado en el video promocional "Meet the Medic".

Lleva a cabo varias operaciones, al principio en un paciente llamado cariñosamente 'Bob' por los desarrolladores del juego, para luego operar a Bob dentro de una estación espacial que orbita la Tierra.

Se creó una versión inicial de Surgeon Simulator 2013 para el Global Game Jam en el que el equipo tenía 48 horas para hacer el juego.

El equipo se inspiró en el juego Jurassic Park: Trespasser [5]​ para el esquema de controles, que también surgió porque los equipos en el concurso ganarían puntos de bonificación si un juego usara diez botones en el teclado.

Inicialmente, el equipo quería asignar un dedo a cada botón, pero pronto se dieron cuenta de que esto no era práctico y, en cambio, solo limitó este estilo de control a una mano con la otra controlada por el ratón.

Fue solo cuando finalmente presentaron el prototipo a la audiencia que se dieron cuenta del potencial cómico.