En 1838 se encontró con John James Audubon y desde aquel momento sus estudios eran principalmente ornitológicos, Audubon le da una parte de su propia colección de pájaros.

A la muerte de Joseph Henry fue el secretario.

Mientras fue funcionario del Smithsonian, los deberes de Baird incluyeron la superintendencia.

Así, sus propios estudios y las escrituras publicadas cubren un rango ancho: la iconografía, la geología, la mineralogía, la botánica, la antropología, la zoología general y en particular, ornitología; mientras por una serie de años revisó un volumen anual que resume el progreso en todas las líneas científicas de investigación.

Murió en el gran laboratorio biológico marino a los Bosques Agujeree, Massachusetts, una institución resultado de sus propios esfuerzos y que ha ejercido un efecto enorme en la ictiología científica y económica.