Girard trabaja en este museo durante diez años, publicando numerosos artículos, la mayoría en colaboración con Baird.

Durante la Guerra de Secesión, Girard se une como cirujano al ejército confederado.

Durante la guerra franco-alemana de 1870, sirve como médico-militar y realiza importantes investigaciones sobre la fiebre tifoidea.

Se retira en 1888 y continúa publicando artículos de historia natural.

En 1891 se retira definitivamente del mundo académico, pasando el resto de su vida en Neuilly-sur-Seine.